W czasie pandemii badania ścieków były cennym źródłem informacji odnośnie obecności i transmisji koronawirusa w poszczególnych społecznościach. Eksperci ostrzegają jednak, że takie analizy mogą budzić wątpliwości dotyczące ochrony prywatności, ponieważ dane są zbierane z publicznych źródeł bez zgody osób, od których pochodzą. Steve Hrudey, emerytowany profesor wydziału medycyny laboratoryjnej i patologii z University of Alberta, zauważa, że badania zawsze powinny opierać się na świadomej zgodzie badanego, a przy stosowanej technice badania ścieków uzyskanie takiej zgody nie jest możliwe.
Hrudey jest przewodniczącym krajowej grupy doradczej przy COVID-19 Wastewater Coalition, organizacji non-profit założonej wiosną 2020 roku, której zadaniem jest koordynacja i rozpowszechnianie informacji o monitorowaniu ścieków. W publikacji z 2021 roku Hrudey i sześciu innych naukowców rekomendowało stosowanie się do 17 wytycznych WHO dotyczących etycznych aspektów monitoringu zagadnień z zakresu ochrony zdrowia publicznego. Wytyczne te zalecają stosowanie się do czterech głównych zasad: pracy dla dobra wspólnego, równości, szacunku dla osoby i dobrego zarządzania. „Zyski wynikające z monitorowania ścieków muszą bezsprzecznie przeważać etyczne ryzyko dla społeczeństwa”, pisał Hrudey.
Materiał genetyczny wirusa SARS-CoV-2 może być wydalany przez człowieka i można go wykryć w ściekach jeszcze zanim zakażona osoba zacznie mieć objawy. Współzałożycielka firmy Biobot Analytics, Newsha Ghaeli, mówi, że stosowana przez nią technologia pozwala na wykrycie koronawirusa w próbce ścieków pobranej od populacji 6500 osób. Eksperci tacy jak Ghaeli podkreślają, że dane mogą być bardzo precyzyjne w sensie określenia faktu wystąpienia zakażenia, ale nie ma możliwości zidentyfikowania konkretnej osoby, nawet jeśli wiadomo, że pozytywny jest tylko jeden przypadek. Materiał w ściekach nie posiada cech identyfikacyjnych, takich jak np. odcisk palca.
Niemożność identyfikacji potwierdza Kim Gilbride, profesor mikrobiologii molekularnej w Toronto Metropolitan University. Jej laboratorium zajmuje się analizą ścieków z GTA – m.in. ze szpitali, domów opieki, czy Humber Wastewater Treatment Plant. Próbki są wkładane do wirówki i po odwirowaniu cały osad do analizy – z badanego obszaru – zbiera się w jednym miejscu.
Hrudey mimo wszystko nie jest przekonany. Tłumaczy, że teoretycznie można pobrać próbkę z wybranego odcinka sieci kanalizacyjnej, odpowiadającej bardzo małemu obszarowi. Z jednej strony wtedy urzędnicy agencji zdrowia publicznego mogą skupić wysiłki na konkretnej okolicy, ale też może dojść do stygmatyzacji. To oczywiście czysto teoretycznie, dodaje, przypominając jednak, że w Hong Kongu i Singapurze monitoring ścieków stosowano w apartamentowcach i urzędnicy byli w stanie dociec, z których lokali pochodzą pozytywne próbki.